腸病毒典型常見症狀：
疱疹性咽峽炎常被誤以為是長牙
嬰兒發燒、厭奶、流口水增加，也應請醫生檢查寶寶的咽峽部，有無小水泡或潰瘍，因為疱疹性咽峽炎常被阿媽誤以為是長牙沒關係。
鑑別診斷疱疹齒齦舌炎
疱疹性咽峽炎，在口腔「後半部」咽峽位置出現小水泡或潰瘍，因類似疱疹表現，直譯為疱疹性，但有的專家建議直接叫咽峽炎而不要加上疱疹性，因為當年翻譯時不知是腸病毒引起，一般人又容易與疱疹混淆，尤其兩者在初期症狀都很類似。如果牙齦紅腫，舌頭潰爛，口腔前部黏膜也有破洞，四肢無水泡，則是疱疹病毒引起的疱疹齒齦舌炎，不是腸病毒，但可能會張口就流血，即早給予ZOVIRAX可有效防治疱疹齒齦舌炎變嚴重(健保一般是不會給付的)，但Zovirax對腸病毒引起的咽峽炎則無效。
有下列情況需立刻就醫，儘速請醫師診查是否有少見的腦膜腦炎及心肌炎等
腸病毒重症臨床分期
第一期：手足口病
症狀治療為主，如退燒、止痛、預防與治療脫水。
腸病毒71型，大部份都會有手足口病，手腳會有疹子，如果病患為五歲以下幼童(高危險群)，應該要提高醒覺有無重症前驅症狀。
第二期 : 腦膜腦炎
第三A期 : 高血壓一肺水腫出血-自主神經失調
第三 B 期 : 低血壓；心臟衰竭
第四期 : 逐漸恢復，神經可能有嚴重後遺症
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臨床指標
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門診
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住院
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加護病房
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皮膚口腔症狀
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有
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有
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有
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心搏率(bpm)
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<120
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140-160
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>160
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呼吸速率(次/分)
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<30
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30-40
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> 40
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休克現象
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無
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輕微
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明顯
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神經症狀
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無
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有
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非常顯著
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