腸病毒典型常見症狀：
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疾病
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臨床症狀
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可能病毒型別
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疱疹性咽峽炎
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突發性發燒、厭食、嘔吐，咽峽部出現小水泡或潰瘍；病程四到六天；多數輕微無併發症，少數併發無菌性腦膜炎。
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克沙奇A1-A10、A16、A22型病毒、腸病毒71型
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手足口病
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發燒、手腳、口腔及臀部周圍出現稍微隆起的紅疹，其頂端大多有小水泡，主要分布於口腔黏膜及舌頭，其次為軟顎、牙齦和嘴唇，四肢則見於手掌、腳掌、手指及腳趾間；病程七到十天，常因口腔潰瘍而無法進食，有些需要住院給予點滴。
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克沙奇A16、A4、A5、A9、A10、B2、B5型病毒，腸病毒71型
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疾病
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臨床症狀
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可能病毒型別
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流行性肌肋痛
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胸部突發性陣痛，持續數分鐘至數小時，合併發燒、頭痛、短暫噁心、嘔吐及腹瀉；病程約七天。
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克沙奇B族病毒
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嬰兒急性心肌炎及成人心包膜炎
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發燒、突發性呼吸困難、蒼白、發紺、嘔吐，開始可能誤以為肺炎，接著會有明顯心跳過速，快速演變成心衰竭、休克，甚至死亡，存活的孩子會復原的很快。
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克沙奇B族病毒
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急性淋巴結性咽炎
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發燒、頭痛、喉嚨痛，懸雍垂和後咽壁有白色明顯病灶；病程約四至十四天。
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克沙奇A10病毒
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無菌性腦膜炎及腦炎
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發燒、噁心、嘔吐、頭痛、頸部僵硬、煩躁、睡眠不安穩。
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克沙奇病毒、小兒麻痺病毒、伊科病毒、腸病毒71型
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發燒合併皮疹
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發燒、皮疹，通常為斑丘疹狀，有些會出現小水泡。
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克沙奇病毒及伊科病毒
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急性出血性結膜炎
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眼睛發紅出血、有異物或疼痛感、畏光、眼皮腫脹、分泌物增加，通常一眼先發炎，數小時內擴散到另一眼；病程約十天。
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腸病毒70型及克沙奇A24病毒
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疱疹性咽峽炎常被誤以為是長牙
嬰兒發燒、厭奶、流口水增加，也應請醫生檢查寶寶的咽峽部，有無小水泡或潰瘍，因為疱疹性咽峽炎常被阿媽誤以為是長牙沒關係。
鑑別診斷疱疹齒齦舌炎
疱疹性咽峽炎，在口腔「後半部」咽峽位置出現小水泡或潰瘍，因類似疱疹表現，直譯為疱疹性，但有的專家建議直接叫咽峽炎而不要加上疱疹性，因為當年翻譯時不知是腸病毒引起，一般人又容易與疱疹混淆，尤其兩者在初期症狀都很類似。如果牙齦紅腫，舌頭潰爛，口腔前部黏膜也有破洞，四肢無水泡，則是疱疹病毒引起的疱疹齒齦舌炎，不是腸病毒，但可能會張口就流血，即早給予ZOVIRAX可有效防治疱疹齒齦舌炎變嚴重(健保一般是不會給付的)，但Zovirax對腸病毒引起的咽峽炎則無效。
有下列情況需立刻就醫，儘速請醫師診查是否有少見的腦膜腦炎及心肌炎等
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症 狀
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嗜睡或無法入眠
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除了一直想睡外，病童也顯得疲倦無力，原來活潑得小孩會變的安靜不想動。
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無故驚嚇或突然間全身肌肉收縮
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通常是在睡眠中時出現突然被驚嚇或嚇哭之現象，或與前一項同時發生突然全身肌肉收縮，隨著病情變化嚴重時，在清醒時也會出現。
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食慾不振或持續嘔吐
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食慾不振超過24小時，一天嘔吐之次數超過兩次以上，尤其是沒吃東西時也吐，要特別注意。
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呼吸急促或心跳加快
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在休息狀態下，呼吸急促或心跳超過每分鐘100次以上
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腸病毒重症臨床分期
第一期：手足口病
症狀治療為主，如退燒、止痛、預防與治療脫水。
腸病毒71型，大部份都會有手足口病，手腳會有疹子，如果病患為五歲以下幼童(高危險群)，應該要提高醒覺有無重症前驅症狀。
第二期 : 腦膜腦炎
第三A期 : 高血壓一肺水腫出血-自主神經失調
第三 B 期 : 低血壓；心臟衰竭
第四期 : 逐漸恢復，神經可能有嚴重後遺症
腸病毒71型轉介住院參考指標
對象：年齡五歲以內，疑似腸病毒感染之非新生兒個案
時間：大多於發病後72至96小時內
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臨床指標
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門診
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住院
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加護病房
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皮膚口腔症狀
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有
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有
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有
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心搏率(bpm)
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<120
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140-160
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>160
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呼吸速率(次/分)
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<30
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30-40
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> 40
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休克現象
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無
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輕微
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明顯
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神經症狀
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無
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有
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非常顯著
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